Sabine Sarnacki dirige le service de chirurgie pédiatrique viscérale et urologique de l’hôpital Necker-Enfants malades. Elle coordonne le centre de référence maladies rares pour les malformation anorectales et pelviennes rares (MAREP) depuis sa création en 2007.
Elle a été vice-présidente santé du 2e Plan national maladies rares de 2011 à 2016. Elle a également une importante activité de chirurgie des cancers de l’enfant. Elle a un long passé de recherche en immunologie de la transplantation et dans le développement du système nerveux entérique. Elle est depuis deux ans directrice de l’équipe de recherche IMAG2, labellisé par l’institut de recherche Imagine, et dédié à l’anatomie computationnelle et à la chirurgie guide par l’image.